Dopo tre mesi della sua permanenza ad Altamura, all'inizio di settembre 1904, sentendo vicina la morte, Melania si accomiatò dalla signorina Emilia Giannuzzi, avendo trovato una piccola pensione in un quartino del Palazzo De Laurentiis, sull'estramurale quasi ai piedi del rione Montecalvario. Qui vennero spesso a trovarla sacerdoti francesi.

   Melania avrebbe voluto trascorrere l'inverno ad Acquaviva delle Fonti, in provincia di Bari, dove risedeva in quel periodo il vescovo, sotto la sua direzione, ma la morte la colse ad Altamura la notte tra il 14 ed il 15 dicembre 1904.

   Nella cattedrale di Altamura fu celebrato il suo funerale presieduto, con l'assistenza del Capitolo, dal vescovo Monsignor Giuseppe Carlo Cecchini che rivelò la sua identità al popolo numeroso intervenuto. Erano venuti dalla Francia alcuni parenti, che portarono via tutte le cose che a lei appartenevano, giacché Melania non aveva fatto testamento.

   Sono scarse le notizie sulle esequie di Melania. Dalla Procura del Filo si ricavano alcune indicazioni circa le spese sostenute per i becchini. Le spese complessive per il decesso ed i funerali, furono sopportate dal signor Michele Carone, ingegnere agronomo, che aveva sposato Amalia, nipote della Signorina Emilia Giannuzzi.

   La stessa nobile famiglia dei Giannuzzi, si offrì poi di ospitare la salma nel suo gentilizio al cimitero di Altamura, dopo che il vescovo, per distinguere la cassa, aveva apposto il suo sigillo, e dentro la cassa era stata collocata una bottiglietta con la pergamena che riportava la sua identità.